EMBA有「深圳班」、「亞太地區馬來西亞班」二個境外專班。

深圳班於2016年招收第一屆學生，為清華大學在職專班首度於境外開設，特延聘兩岸於業界與學術界有豐富資歷的師資，具管理決策經驗與專業背景教授課程，內容實務理論並重，討論與分享、融合創新與創業的策略思考。亞太地區馬來西亞班於2019年招收第一屆學生，為清華大學首度於亞太地區開設，主要針對東南亞創業家與高階經理人所量身打造的在職專班。課程著重創新、策略思考的養成，兼顧理論與實務操作，提升經營管理及創新能力，並培養前瞻性與國際競爭力。